Tuttowrestling Forum

Ciao a tutti ragazzi,devo consegnare degli esercizi di biochimica entro 2 giorni,alcuni li ho risolti ma c'è qualche esercizio che proprio non so risolvere,e dove non so proprio mettere le mani!
Qualcuno potrebbe darmi una mano?Sono davvero disperata,non so davvero come fare!

1)L’ossitocina è un ormone nonapeptidico coinvolto nel rilascio del latte durante l’allattamento nei mammiferi. La sequenza amminoacidica è la seguente:

Cys-Phe-Ile-Glu-Asn-Cys-Pro-His-Gly-C=O

S------------------S NH2

(non riesco a fare bene il disegno,comunque gli S sono legati alle cisteine e tra loro sono legati da un ponte disolfuro,mentre il gruppo NH2 è legato con un legame covalente singolo all'atomo di C)

Indicare quale è la carica netta di questo peptide a pH 2 , a pH 8,5 e pH 10,7. si tenga presente che il gruppo disolfuro è stabile nell’intervallo di pH considerato e che il carbossile terminale del peptide è ammidato.

2)Sono state eseguite misure della velocità iniziale per la reazione catalizzata dalla chimotripsina, usando come substrato (S) l’estere benzilico della tirosina a 6 concentrazioni differenti.
a)Scrivere la formula di struttura del substrato e la reazione a cui va incontro;
b)Usando i dati riportati di seguito valutare i valori di Vmax e KM per questo substrato.

mM 0,005 0,01 0,017 0,04 0,1
v0 (mM/min) 22 35 44 56 66

3)Il virus 1 dell’immunodeficienza umana (HIV-1) codifica per una proteasi (Mr 21.500 u.m.a.) essenziale per l’assemblaggio e la maturazione del virus. La proteasi catalizza l’idrolisi di un substrato eptapeptidico con una kcat di 1000 s-1 e una KM di 0,075 M.

a)Calcolare la Vmax per l’drolisi quando la la proteasi dell’HIV-1 è presente a 0,2 mgxmL-1;

b)Quando il legame peptidico(-CO-NH-) suscettibile all’idrolisi da parte dell’enzima viene sostituito da -CH2-NH-, il derivato risultante non può essere più scisso dalla proteasi e agisce come un inibitore.
Nelle stesse condizioni sperimentali del punto a) ma in presenza di 2,5 micro M di inibitore, la Vmax risulta essere di 9,3x10-3 Ms-1 e la KM di 0,12 M.
c)Che tipo di inibizione avviene?
d)Questo tipo di inibizione è atteso per tale struttura?

M'è venuto il mal di testa.

MM, aiutami tu! (cit.)

Se per risolverli ti iscrivi appositamente a un forum di wrestling, be', fossi il tuo prof ti cospargerei di croccantini per cani e ti rinchiuderei in uno sgabuzzino con un paio di rottweiler a digiuno da tre giorni.

Our Lady Peace ha scritto:Se per risolverli ti iscrivi appositamente a un forum di wrestling, be', fossi il tuo prof ti cospargerei di croccantini per cani e ti rinchiuderei in uno sgabuzzino con un paio di rottweiler a digiuno da tre giorni.

Sono piegato in due dalle risate...perdonate l'off topic

Beh,sono parecchio disperata,gli esercizi devo farli per forza sennò non posso sostenere l'esame e dovrei aspettare un anno!
Essendo degli esercizi che contribuiscono al voto dell'esame,di certo non posso chiederli al professore in questione!
Comunque il forum l'ho trovato per caso,e dato che è parecchio visitato,ci ho provato!

Quando si stava su FFZ aveva un senso, ma che per caso si arrivi sul forum di un sito di wrestling è esilerante...

prima facci vedere le tette poi se ne riparla

Ah, biochimica maledetta.

Nel primo esercizio devi semplicemente tener conto dei pka dei vari gruppi che possono essere protonati o deprotonati, quindi i due gruppi terminali più quelli delle catene laterali, e usare la legge di Handerson-Hasselback per vedere quale percentuale sarà in quale forma, ad esempio:

La Cisteina ha pka pari a 1.92; Per vedere quanto influenza la carica del peptide a pH a infili questo nella HH che è

pH = pka + log ( [A-]/[AH] )

E hai:

2 = 1.92 + log (x/(1-x))
0.08 = log (x/1-x)

e^0.08 = x/1-x

x circauguale= 0.5

Il che significa che a pH 2, metà dei peptidi presenti in soluzione hanno la cisteina sono in forma dissociata, e quindi nel tuo computo della carica vale un -0.5. Fai il calcolo per tutti i gruppi che possono protonarsi o dissociarsi e in fine fai la somma algebrica. E' noioso, ma non è difficile. Il fatto che ci sia un ponte disolfuro stabile in quell'intervallo significa che in realtà la cys non contribuisce alla carica netta del peptide, perché una volta formatosi il legame è elettricamente neutro.

2)
Vabbè, disegnare un amminoacido non è facile visto il forum e tutto quanto, ma non è particolarmente complicato; La chimotripsina rompe poi il legame peptidico, quindi la reazione è piuttosto semplice;
Per la parte della cinetica, coi dati che hai, usi tranquillamente una cinetica di Michelis-Menten (MM!), e ti fai il grafico di Lineweaver-Burke; L'intercetta su y ti da vmax, l'intercetta sull'asse x ti da 1/Km, e sei apposto. Se hai mai fatto un laboratorio di biochimica al 99% te l'han già fatto fare in passato.

il 3zo non ho sbatta, però considerando che KM sale e la vmax non ho voglia di calcolarla, dovrebbe essere competitiva, ma non metterci la mano sul fuoco.

Buon lavoro.