1974, Costa Rica: Big Boss e Miller vengono visitati dal professore Gàlvez e dalla sua giovane allieva Paz, i quali spiegano loro che dei mercenari della CIA sono entrati in Costa Rica. La Costa Rica non possiede un esercito e per questo viene chiesto a Big Boss di scacciare la CIA, fornendo in cambio una piattaforma marittima nel Mare dei Caraibi. Big Boss riesce a contattare i Sadinisti, ma si scopre che il comandante è stato ucciso dalla guardia nazionale di Somoza dai suoi due figli, Amanda e Chico, scappati in Costa Rica per sfuggire a Somoza. Dopo aver appreso ciò, Chico viene rapito dal Chrisalis, un grosso Metal Gear I.A. volante soprannominato da Amanda "El Colibrì".
Dopo aver liberato Chico ad Aldea los Despiertos tramite sistema Fulton, Snake viene a sapere che delle testate nucleari stanno per essere portate in un laboratorio situato nel cratere del vulcano Irazu. Big Boss raggiunge il laboratorio e sconfigge l'arma I.A. Pupa e trova il Dr. Huey (il padre di Otacon), il quale gli spiega di aver progettato le armi senza pilota e il Peace Walker, in grado di lanciare missili nucleari per rappresaglia e gli rivela che il capo dei mercenari è un certo Hot Coldman e la progettista dell'I.A. è la dottoressa Strangelove. Snake prosegue fino al laboratorio della Dr. Strangelove e sulla sua strada trova Cècile Cosima Caminades che gli rivela dove vengono portati i pod delle armi I.A. e il laboratorio dove era stata prigioniera; qui Snake incontra la dottoressa Strangelove che lo fa entrare nel pod mammifero, dove perde i sensi, egli si risveglia poco più tardi dove affronta un duro scontro col Chrisalis.
Snake allora prosegue fino alla base sotterranea nella miniera; appena arrivato, viene scoperto da un Kidnapper, arma I.A. volante: intervengono varie guardie, ma Snake riesce a neutralizzarle e, dopo un duro scontro con il Cocoon, si intrufola nella base, ma viene catturato da Strangelove e portato in una sala torture da cui riesce a scappare dopo una dura sequenza in cui il protagonista deve resistere alla tortura. Appena scappato Snake si dirige all'hangar del Peace Walker e lo affronta ma, ancora funzionante, il Metal Gear si sposta in una base missilistica situata in Nicaragua.
Snake decide di infiltrarsi nella base missilistica americana, stranamente piena di mercenari del KGB; arrivato alla fine trova Coldman con Paz in ostaggio; arriva il Prof. Gàlvez e Coldman rivela che Gàlvez in realtà è un suo alleato; detto questo, Gàlvez tradisce Coldman, gli spara e rivela di chiamarsi Vladimir Zadornov e di essere un agente segreto del KGB e rivela che il piano dell'URSS è lanciare dalla base americana un missile nucleare su Cuba, alleato russo, in tal modo che in America Latina si infiammi un sentimento anti-americano e che il comunismo si diffonda senza ostacoli, privando così gli USA dell'appoggio del resto del continente americano. Quando Zadornov sta per sparare a Snake arrivano tutti i Sandinisti che sgominano i soldati russi e spiegano a Zadornov che non saranno pedine del KGB e che vinceranno da soli, a questo punto sopraggiunge Miller che riporta alla base Coldman, Zadornov e Paz; Snake decide assieme a Strangelove di disattivare il Peace Walker ma intanto Coldman attiva da remoto il lancio nucleare del Peace Walker che trasmette a Washington i dati di un attacco nucleare fittizio da parte russa. Big Boss telefona al portavoce della camera dei deputati dicendo che sono attacchi finti, il portavoce gli crede ma gli altri membri della camera non sono d'accordo e vogliono lanciare anche loro una bomba atomica contro l'Unione Sovietica, allora, dopo un duro scontro con Big Boss, il Peace Walker, animato dall'I.A. del pod mammifero, si autodistrugge per evitare lo scoppio di una guerra mondiale nucleare.
Dopo i precedenti avvenimenti Zadornov scappa dalla Mother Base varie volte e viene recuperato, fino a che non muore in uno scontro a fuoco con Naked Snake. Grazie al lavoro di Zadornov (ovvero distrarre gli MSF con le sue fughe) Paz prende il controllo del Metal Gear ZEKE, sviluppato da Huey e Stangelove nella base dei "Soldati senza frontiere"; Snake neutralizza lo ZEKE e Paz, che prima di finire in acqua gli rivela di aver lavorato per la CIA, il KGB e Cipher (il Maggiore Zero).
Nel finale Miller rivela a Snake che ha sempre saputo chi fossero Paz e Zadornov e che li ha usati per guadagnare la base.
Snake finisce con un discorso ai suoi soldati tramite altoparlante: in futuro arriveranno guerre e terrorismo e il loro lavoro (che dovrà essere molto adattabile ai periodi) sarà molto richiesto.
È giunto il momento di preparare le truppe.
Comunque oggi ho ritirato la mia copia edizione DayOne, molto stiloso il porta dvd metallico in regalo!
